Под немецкой оккупацией в 1941–1944 годах

В июне 1941 года немецкая армия перешла западные границы СССР, что послужило началом Великой Отечественной войны, продолжавшейся на территории Беларуси до конца июля 1944 года. В первые же месяцы войны вся территория БССР была оккупирована немецкими войсками, и сразу же в Беларуси начала возрождаться церковная жизнь. Этому в немалой степени способствовал Варшавский митрополит Дионисий (Валединский), создавший в Варшаве Белорусскую церковную раду. На 1-м заседании рады, состоявшемся 9 сентября 1941 года в Варшаве, был принят меморандум, адресованный немецким властям, в котором предлагалось предлагалось возвести в епископский сан архимандритов белорусов Феофана (Протасевича), Филофея (Нарко) и Афанасия (Мартоса) для окормления православных на территории оккупированной Беларуси. Немецкие власти поддержали это предложение. На совещании, в котором приняли участие митрополит Пантелеимон (Рожновский) и епископ Венедикт (Бобковский), состоявшемся в октябре 1941 года, было принято решение присвоить митрополиту Пантелеимону титул «Минский и всея Белоруссии» и перенести митрополичью кафедру в Минск. В марте 1942 года на Соборе епископов Беларусь была разделена на 6 епархий: Витебскую, Гродненскую, Минскую, Могилёвскую, Новогрудскую, Смоленскую; в мае 1943 г. была создана Гомельская епархия. Во главе Белорусской Церкви стоял митр. Пантелеимон (Рожновский). В 1941–1943 гг. состоялись несколько хиротоний: Филофея (Нарко) во епископа Слуцкого; Афанасия (Мартоса) во епископа Витебского; Григория (Боришкевича) во епископа Гомельского. При учреждении белорусских епархий не было учтено территориально-административное деление Беларуси, проведенное оккупационными властями, по которому Брестчина была присоединена к Комиссариату Украины, Гродненщина — к Восточной Пруссии, Витебщина и Могилёвщина входили в военную полосу и находились под управлением военных. Эти обстоятельства затрудняли окормление этих территорий.

Немецкое руководство решило использовать желание простых людей открыть храмы и возобновить в них богослужения в своих интересах. При Генеральном Комиссариате Беларуси был создан отдел политики, контролировавший деятельность белорусского епископата. Перед Православной Церковью был поставлен ряд условий: она должна объявить себя автокефальной и национальной с тем, чтобы получить независимость от Московского Патриархата; церковное делопроизводство и проповеди должны вестись на белорусском языке; немецким властям предоставлялось право контролировать назначения священнослужителей, В конце 1943 года давление на Церковь усилилось в связи с тем, что при марионеточном гражданском правительстве — Белорусской Центральной Раде был создан отдел по церковным делам, который должен был контролировать назначения, перемещения и увольнения священнослужителей.

После того как стало очевидным, что митрополит Пантелеимон не пойдет на прямой разрыв с Московским Патриархатом (достаточно сказать, что владыка Пантелеимон за богослужением продолжал поминать Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия(Страгородского), нацистские власти в июне 1942 года сослали его в Ляденский монастырь, а затем под надзор в город Вилейку. Белорусскую Церковь, в отсутствии ее Предстоятеля, возглавил архиепископ Филофей (Нарко). 30 августа 1942 года был проведен так называемый Всебелорусский церковный Собор, на котором присутствовали только представители Минской и Новогрудской епархий, провозгласивший под нажимом оккупационных властей автокефалию Белорусской Церкви при условия, что автокефалия будет признана всеми поместными правосл. Церквами. В соответствии с Уставом, который был утвержден на Соборе, Белорусской Церкви усвоялось название «Святая Православная Белорусская Автокефальная Церковь». Однако, соответствующие письма главам Поместных Церквей  с просьбой о даровании Томоса не были отправлены. Вместе с тем, де-факто, во время оккупации Православная Церковь в Белоруссии не зависела от какой-либо высшей церковной власти, находившейся вне пределов страны. Она управлялась Собором и Синодом епископов и возглавлялась митрополитом, в мае 1944 г. на Соборе епископов было решено прибавить к митрополичьему титулу «Его Блаженство».

В 1941 году были открыты курсы для подготовки кандидатов на священно- и церковнослужительские должности в Минске, Гродно, Новогрудке, Гомеле, Витебске, Смоленске, Жировицком мон-ре. В 1941–1945 гг. были рукоположены в священный сан 213 чел. По распоряжению митр. Пантелеимона в Восточную Беларусь были направлены для организации церковной жизни архимандрит Жировицкого монастыря Серафим (Шахмуть) и священник Григорий Кударенко, возобновившие на восточнобелорусских землях более 90 церквей. Всего в 1945 году в Беларуси действовало 1044 храма и 7 монастырей, из к-рых 5 были возрождены во время оккупации. Большая часть православного духовенства духовно и материально поддерживала партизанское движение: помогали деньгами, содержали подпольные госпитали, осуществляли разведку в интересах партизанских соединений.

В июне 1944 г., опасаясь репрессий со стороны советских властей, весь белорус. епископат во главе с митрополитом Пантелеимоном покинул пределы Беларуси и, оказавшись в вынужденной эмиграции, в полном составе вошел в Русскую Православную Церковь за границей.